Φοβούμενοι τυχόν απόδραση του Μίκη, οι χουντικοί τον εξορίζουν στην απομακρυσμένη Ζάτουνα. Τη φύλαξή του αναλαμβάνει μια διμοιρία χωροφυλάκων. Δεν επιτρέπεται να επικοινωνεί με τον κόσμο, να διατηρεί αλληλογραφία, να διαβάζει βιβλία και περιοδικά. Ομως, και σε αυτές τις συνθήκες δημιουργεί. Εκεί συνέθεσε τις «Αρκαδίες». Οι αστυνομικοί γίνονται το ...κοινό που ακούει για πρώτη φορά αυτές τις μελωδίες του Μίκη.
Παρά τις απαγορεύσεις, με διάφορους τρόπους καταφέρνει να στέλνει μαγνητοταινίες με τα καινούργια έργα του στο εξωτερικό. Εκεί όπου βρίσκονταν η Μαρία Φαραντούρη και ο Αντώνης Καλογιάννης. Με τη λαϊκή ορχήστρα του, υπό τη διεύθυνση του Γιάννη Διδίλη, γυρνάνε την Ευρώπη δίνοντας συναυλίες και κινητοποιώντας τη διεθνή κοινή γνώμη κατά της χούντας και υπέρ της απελευθέρωσης του συνθέτη.
Σε μήνυμά του από τη Ζάτουνα, το οποίο μεταδόθηκε από τον ραδιοφωνικό σταθμό της Μόσχας και σώζεται στο Αρχείο του ΚΚΕ, διαβάζουμε: «Εχοντας εξακοντίσει στα τέσσερα σημεία του ορίζοντος τις απόρθητες στρατιές των ήχων, γνωρίζω ότι είμαι και ο ίδιος απόρθητος. Απόρθητες είναι οι ιδέες και αυτοί που τις υπερασπίζονται ηρωικά...».
Τον Οκτώβρη του 1969 φυλακίζεται στο στρατόπεδο Ωρωπού. Την ίδια περίοδο, καλλιτέχνες από όλο τον κόσμο ζητούν την απελευθέρωσή του, μετά από έκκληση του Σοβιετικού συνθέτη Ντμίτρι Σοστακόβιτς να δημιουργηθεί διεθνής επιτροπή. «Πώς μπορούμε εμείς, οι παράγοντες της Τέχνης, να μένουμε αδιάφοροι για την τύχη του; Πώς μπορούμε να σιωπούμε τη στιγμή που ο γεμάτος ταλέντο και δημιουργική δύναμη συνθέτης, η μουσική και τα τραγούδια του οποίου αντηχούν σ' όλες τις περιοχές του κόσμου, λιώνει σήμερα κρατούμενος; Το χρέος μας το ανθρώπινο, το χρέος μας απέναντι στην Τέχνη, μας καλεί να δράσουμε...».
Το 1970 φυγαδεύτηκε στο εξωτερικό. Εκεί, μαζί με τους Φαραντούρη, Καλογιάννη, Πανδή, Δημητριάδη, Μάνου και άλλους πραγματοποιούν τις μεγάλες συναυλίες - συγκεντρώσεις - διαδηλώσεις, όπως τις χαρακτήριζε ο ίδιος. Για τέσσερα χρόνια γύρισαν όλο τον κόσμο, τραγουδώντας σε χιλιάδες... Οι συναυλίες γίνονται βήμα διαμαρτυρίας και διεκδίκησης και για άλλους λαούς που υποφέρουν από παρόμοια προβλήματα και αγωνίζονται. «Κάναμε κατά μέσο όρο είκοσι συναυλίες επί τέσσερα χρόνια».
Επισκέπτεται τη Σοβιετική Ενωση, όπου παρευρίσκεται προσκεκλημένος της Ενωσης Σοβιετικών Συνθετών. Το Προεδρείο της Κομσομόλ τον βραβεύει με το ανώτατο παράσημο, το οποίο του είχε απονείμει το 1967 για τους αγώνες του και τα τραγούδια του υπέρ της ελευθερίας.
Κορυφαίο έργο της περιόδου είναι το μεγαλειώδες «Κάντο Χενεράλ» σε ποίηση Πάμπλο Νερούδα. Τις πρόβες του έργου είχε παρακολουθήσει ο ίδιος ο ποιητής. Σχεδιαζόταν μάλιστα να γίνει μια μεγάλη συναυλία στο Σαντιάγο, όπου θα παρουσιαζόταν το έργο και θα απήγγελλε ο Νερούδα. Η συναυλία δεν έγινε κατορθωτό να πραγματοποιηθεί, λόγω του πραξικοπήματος του Πινοσέτ.